季加孚教授是国内著名的肿瘤外科学专家，临床方面主要从事消化道肿瘤外科工作，积极推广规范化手术、开拓国内胃癌新辅助化疗领域。研究方向主要以胃癌的临床综合治疗和分子机理为重点，牵头国内外相关临床试验（国际胃癌CLASSIC研究、结肠癌MASCOT、ACCElox研究等），作为项目负责人主持和参与消化道肿瘤临床及基础科研项目26项，其中国际合作项目3项、国家级9项、省部级4项。先后承担了国家“十一五”、“十二五”支撑计划、国家“863”项目、国家自然科学基金项目、北京市科委重大项目、北京大学人类疾病基因研究中心项目等多项重大课题的研究。与美国斯坦福大学合作研究胃癌特异基因表述谱，同期建立并完善了规范化标本采集及管理的肿瘤组织标本库。