杨焕明院士和他的团队为“人类基因组计划”、“人类单体型图计划”、 “千人基因组计划”等国际合作的基因组计划以及第一个亚洲人基因组、人类泛基因组学、古人类基因组、肠道Meta基因组、癌症基因组、外显子组和甲基化组的研究做出了重大贡献。