南非科学院（ASSA）由总统尼尔逊曼德拉赞助发起，于1996年正式成立，在比勒陀利亚和开普敦设有分部。
南非科学院是由国会授权任命的法人机构，是南非唯一一家被政府认可的科学研究机构。政府的科技部长可以根据政府的目标要求南非科学院以政府的名义开展相关工作。
南非科学院的理念在过去150年间曾经以各种形式提出过。早在1825年成立了南非协会，在1877年演变成为南非哲学学会，该学会在1980年演变成为了南非皇家学会。
在1989年10月至1990年4月间，研究开发基金会发起了一次非正式会议，会议结论认为一般的学术团体并不能履行科学院的功能，并且在未来似乎也不能够实现。会议为科学院定义了任务，即科学院应当“运用最高级的科学思维为国家服务，尤其是要为政府、人民甚至全世界提供科学的观点和建议。”在这一思想下，成立了南非科学院。
南非科学院不是一个实体机构，而是一个荣誉机构。它是南非的国家级官方科学机构，在国际科学界代表着南非的科学水平。南非科学院特别重视利用科学来解决南非社会所面临的挑战性问题。成员经过非常严格的挑选，是来自各个领域的杰出人物。
南非科学院是国际科学院理事会成员。国际科学院理事会的任务是为政府和国际组织（如世界银行、联合国等）就一些重要问题提出权威性的报告。国际科学院理事会的成员都是来自国际科学院联盟。
科学院致力于成为南非最好的科学和学术机构，成为国际瞩目的机构。其责任是使用科学的方法帮助国家解决问题，并促进科学的发展和繁荣。其目标如下：
（1）促进在不同学科之间取得科学思想的共通之处，例如物理学、数学、生命科学、人文科学、社会学与经济学等。（2）鼓励和促进具有创新性和独立性的科学思维的发展。
（4）为南非社会的需求、面临的挑战提供有效建议，并采取合适的行动。
（5）使南非与国际最高水平的科学团体保持联系，尤其是非洲地区的科学团体。科学院由理事会和院士组成，理事会负责管理科学院的事务，理事会成员从院士中选出，南非科学院的组织机构如下所示。
理事会必须确保科学院的目标能够得到有效实现，还负责对科学院的活动进行日常管理。由理事会决定每一位院士应该交纳的年费，退休院士除外。科学院的院士都有资格被提名为理事会成员的候选人，当选条件是其得到了至少4位院士的支持。理事会成员的任职期限最长为8年。
理事会共有13名成员，包括1名院长、2名副院长、1名财务和1名秘书，7名普通成员以及1名由科技部长任命的来自国家创新咨询委员会（NACI）的成员。其中院长、2位副院长和秘书4人为理事会干事，负责做出部分决策。
院长是科学院的最高负责人，同时也是理事会的主席，并负责管理科学院的所有财产。
副院长负责主持理事会会议，还负责完成理事会可能随时分派给他们的各种任务。
财务负责管理科学院的所有财产情况，负责科学院的所有分配和支出，在年会上提交分配和支出记录，并进行审计。
秘书负责对理事会的常规活动以及所有相关的事件负责，财务情况除外，并且负责会议记录和理事会一切活动的安排。科学院工作的年度报告由秘书草拟，在年度会议上提交，并发给每位院士。此外，秘书还负责管理科学院的官方档案，包括院士的注册信息和传记信息、议程记录和理事会以及委员会的会议纪要、科学院发行的报告或其他文档，以及所有接收到或发行过的官方通信记录。理事会可以成立一个或多个委员会，行使由理事会决定的科学院的权利和职能，如执行委员会、常务委员会等。委员会由科学院的院士和雇员组成，雇员是理事会认为必要时聘用的，理事会可以在任何时候解散或者重建一个委员会。理事会必须为每个委员会指定一名理事会成员作为其负责人。理事会还专门设立了秘书处，包括秘书长、多个项目主任、国际联络官员、院士通讯员、科学院的各期刊编辑等。
科学院设有10个学部，按照学科领域划分为：地球科学学部、经济学部、人文科学学部、生命科学学部、数学学部、物理学部、社会科学学部、技术与工程科学学部、教育学部、农业科学学部。
南非科学院院士应是为科学进步和应用作出了重要贡献的科学家。
截至2006年10月，南非科学院共有院士276名。
南非科学院的院士类别只有一种，即院士，不过院士在年满70岁后可退休成为荣誉院士。荣誉院士不再参与科学院办公室的工作，也不能成为理事会成员，但有资格为院士候选人签署证明书，参加新院士的选举活动，可以继续收到科学院的出版物，也不必再向科学院交纳任何费用（到期的欠款除外）。
2.1 权利
（7）可收到科学院未来活动和发展方向的问卷调查表。
（1）由理事会决定要求交纳的年度会费最迟应在下一财年结束前交纳。
（2）若在上述期限内未交纳理事会要求的会费，其院士资格将会被取消，在取消其资格前会由秘书挂号寄出通知，通知其院士资格将在下一年的全院大会上被宣布取消。某位被取消院士资格的成员可以在理事会许可下提出申请恢复请求。（3）如果某院士被理事会认为有不端或犯罪行为，或其行为导致了科学院的名誉受损，将会被要求到理事会说明情况。但院士的科学观点与得到公众认可的观点或与普遍认同的观点相悖时，不算对科学院名誉有影响，前提是该院士对其观点的表述是以科学所接受的方式进行的。
（4）院士可要求退出科学院，辞职信应以书面形式呈交给院长。为科学进步和应用作出了重要贡献的科学家可以被推荐为南非科学院的院士。
院士候选人必须得到4名以上院士在一年内至少一次的提名和推荐，并且4名推荐人都要填写推荐表格和提供有签名的证明，其中至少2名推荐人对候选人所开展的科学工作具有清楚的认识和了解，并知道其在科学上已作出的重大贡献。
推荐人提供的证明必须解释为何该候选人会促进实现科学院的目标。
提名表格还必须包含候选人的声明，表明其愿意被选举为科学院的院士，并附带个人简历。所有这些文件应在每年固定的日期交给秘书。
理事会每年都会根据院士评选标准对新的候选人和上一年度的候选人资格进行评估。
科学院现有的院士以无记名投票的方式对每一位候选人作出支持、反对或者是中立的投票，弃权票将被作为中立票进行统计。
每位候选人必须获得3倍于其反对票的支持票才能当选为院士。落选的候选人可以向理事会提出申诉，申诉书应以书面形式提出，并应得到其推荐人的签名支持。理事会将邀请申诉者或者在其缺席时邀请一位签名人出席应诉。理事会决定为最终决定。科学院的章程规定：“科学院的责任是要为南非社会的发展需求和面临的挑战提供有效建议，并采取合适行动；科学院可以应任何人的请求或是自己主动调研与公众利益相关的科学问题，并通过咨询方式进行解决”；此外，科学院必须就有关科学问题向科技部长提出建议；以及必须承担科技部长可能分配给科学院的某些目标任务的调查和研究工作。
根据上述各项规定，科学院开展咨询工作的形式主要有两种：一种是由理事会针对共识性研究项目指定专家组，另一种是成立基于学习论坛的指导委员会。这两种形式并非截然不同，它们可能会采用类似的方式来实现其目的。
专家组和指导委员会各由理事会指派的一名院士领导，另外还从院士中挑选一名项目主任协助负责人开展工作，并根据研究进展向科学院报告相关情况。
专家组和指导委员会的成员人数通常不超过10名。成员要求有相关领域内的专门知识、有公正的观点，他们根据个人道德自由行使其判断力。
理事会接到并通过某项研究项目后，才开始成立相关的专家组或指导委员会，先由理事会指派一名临时负责人管理项目，直到专家小组或者指导委员会成立及其负责人被确定下来。临时负责人要准备一份至少有15个人的名单，其中最后5人是作为前面10人的替补。这15人都要附有个人简历和详细的工作情况信息，以及一份简短的项目情况报告，以促使理事会可以根据情况决定是应当成立专家组或是指导委员会，理事会还可以根据特别研究项目成立10人以上的专家组。初步拟定的成员名单在理事会会议召开两周前在科学院网站上公布，征求公众对其的评价意见，在理事会会议上将综合收集到的评价意见做出最终决定。专家组和指导委员会所有的商议都是秘密的，不过讨论内容的摘要信息可以由负责人决定是否向公众公开，以寻求公众意见或是向公众收集更多的证据。专家组和指导委员会的某些活动可以通过公众会议、讨论和听证的形式开展。
由专家组或是在指导委员会的支持下起草的报告将由理事会安排同行评审，专家组的共识性报告至少要求有3位评审专家，指导委员会的基于论坛的报告至少要求有2位评审专家。每个评审专家的意见均会被匿名送交给所有专家组成员或指导委员会成员，以便他们根据评审专家的意见对报告作进一步改进；专家组和指导委员会根据这些意见做出的相应改动连同报告会送交给理事会。
报告在得到理事会通过后，首先应当送交给项目的相关发起人，一般在3个月后才向公众公开。
科学院开展的咨询课题可分为两种类型：一种是科学院自己根据情况主动调研与公共利益相关的科学问题，一种是应科技部或是其他任何团体的请求开展项目调研。科学院针对这两种情况分别制定了相关指南。
理事会在决定进行某项由科技部或其他团体提出的项目前，需要经过认真详细的初步讨论，以确保项目能正确并合乎逻辑地进行，大多数情况下，项目由科技部给予支持或是由提出咨询请求的团体提供资助。几乎所有项目都会向相关的机构进行咨询，以对项目能有最佳的初步评估，并可以将其与相似或相关的活动联系起来。
由科技部或其他任何团体提出的项目应先与院长交换意见，然后由秘书长送交给理事会成立的所有常务委员会、有关学科领域的所有院士以及理事会，并收集这些单元对项目的初步建议，建议的内容可用于对项目进行补充或重新定位。（1）被提议项目的简要研究内容或范围；特别重要的背景因素；与项目内容相关的先前已进行的研究及结果；与在外国已经开展过的类似研究进行比较分析；项目可能的产出、结果以及其影响；已有的资料或科学院可获得的资料。（2）列出一组可能作为项目专家组成员或评审员的权威学者，包括但不仅限于南非科学院的院士。（3）一份分阶段开展工作的预算草案，这份草案可能会形成与该课题有关的一份正式报告。在草案中必须作出一项建议：项目应当采用专家组形式还是指导委员会的形式开展。
符合上述3点要求的建议由理事会干事先进行检查，然后提交给理事会考虑和通过，需要考虑的内容除了上述3点外，还包括财务预算和可能的筹款计划。理事会还应安排向其他相关机构进行咨询。秘书长负责项目的预算。
理事会在决定开展一项研究前，会认真考虑其可行性，以及是否应当优先开展。有些研究由美国科学院（USNA）给予资助，有些研究依靠筹款开展或是列入年度预算中。几乎所有被提议的研究项目都会向相关的机构进行咨询，以对项目能有最佳的初步评估，并可以将其与相似或相关的活动联系起来。
在理事会初步决定开展某项目后，最好有几位或所有相关领域的院士对提议项目进行初步评估，以确定支持的力度或对项目内容进行调整。
（1）简要描述提议项目的主题，并说明确定该项目的理由；为何应当由科学院承担该项目而不是其他机构；特别重要的背景因素；与项目内容相关的先前已进行的研究及结果；与在外国已经开展过的类似研究进行比较分析；项目可能的产出、结果以及其影响；已有的资料或科学院可获得的资料。
（2）列出一组可能会作为项目研究专家或评审专家的权威人士，包括但不限于科学院的院士。
（3）一份分阶段开展工作的预算草案，这份草案可能会形成与该课题有关的一份正式报告。在草案中必须提供一项建议：项目应当采用专家组形式还是指导委员会的形式开展。
符合上述三点要求的提议由理事会干事先进行检查，然后提交给理事会考虑和通过，需要考虑的内容除了上述三点外，还包括财务预算和可能的筹款计划。理事会还应安排向其他相关机构进行咨询。
2005年10月，科学院开展了一项题为“营养对人体免疫力的影响——尤其是对肺结核和HIV的影响”的研究。项目的提议者为Wieland Gevers院士与James Volmink院士，他们也是该项目的临时负责人，该项目组的临时负责人还包括Hester Vorster院士与Barry Mendelow院士，他们4人负责为专家小组推荐合适的成员，由Liesl Grobler博士临时负责协助。
4名项目临时负责人共同协商多次后，根据设置咨询机构的要求确定了成立一个专家组所必要的信息。
对专家组的成立从下面几个方面综合考虑并寻求平衡：所选择专家在人类免疫学与传染病学两个领域的专业知识、在人类营养学中的常量营养元素和微量营养元素方面的知识、在人体介入的循证医学方法和其他方法的研究、专家的经验与“现时思考”能力、在国内和国际对该主题涉及内容的研究成果、专家组规模的大小、可能更有效的研究模式等等。最后，理事会成立了一个较大的专家组，共有14名成员，而不是一般的10名或更少成员，其中6名为院士。在理事会的建议之下，随后成立了一个专家顾问组，以建议的形式支持和指导专家组的工作。另外，还有一组国际和国内权威人士可以作为专家组的顾问，专家组在工作中可以向他们进行咨询和请教。专家组成员中没有与本项目有利害关系的人，所有的专家组成员和顾问组成员都提交了书面陈述书，表明自己与本项目没有利害关系。
项目于2005年10月28日举行了第一次会议，全体专家组成员推荐Barry Mendelow院士为项目负责人，由理事会通过后任命他为项目负责人。
（1）与一般性营养不良（常量营养元素）和微量营养素的缺乏有关的正常人体免疫系统的营养调控。
（2）在急性和慢性感染情况下，尤其是在结核分支杆菌（Mtb）和HIV感染情况下，对人体营养状况的调控。（3）营养干预对成人、儿童感染HIV和临床肺结构病的发病率与死亡率的影响。
在Barry Mendelow院士的领导下，专家组针对上述几点问题，采用了多项方法开展工作，包括：
（1）雇用研究人员开展子课题研究，最终向专家组提供相关部分的报告。
专家组在顾问组的帮助下，应当在12～15个月内完成本项目，并将经过同行评审的初步报告提交给理事会。目前，本项目的咨询结果还未向外界公开。1.1 科学—社会金奖
对于将科学服务于社会并取得杰出成果的人，南非科学院将向其授予金奖作为奖励。此奖设立于2002年，每年有两个名额。
这一奖项是奥本海姆在1958年为了纪念他的父亲厄内斯特先生而设立的，它在教育和相关领域有着久远的传统。
悉尼·布雷内奖学金授予在南非从事分子和细胞生物学领域研究的博士后。该奖学金两年授予一次。
科学院的学术交流会议每年至少举行一次，具体时间和地点由院长决定。
在比尔和梅林达·盖茨基金资助的加强非洲国家科学院项目中，南非科学院被选为美国科学院在非洲的3个合作伙伴之一。
3.1 南非科学
这是一份流行科学杂志，于2004年创刊，作为科学面对外界的窗口，其定位是公布和庆祝国家在科学上持续取得的成就。其涵盖的科学范围包括自然科学与技术到人类科学，凡是研究工作取得实际成就的领域以及学科范围以内的应用型科学都包括在内。
刊物的其中一项目标是激励中学的高年级学生对科学的兴趣，同时也面向其他学生、科学机构和科学学会以及政府和私人部门的政策决策者。
该杂志以季刊形式出版，为读者报道最新的南非科研信息。编辑是Elisabeth Lickin-dorf博士，他是南非最富有经验的科学作家之一。杂志允许许多领域的科学家和专家在刊物上发表报告，综合他们已经在权威的学术性杂志上发表过的专业性文章，而通过这种方式他们的科学发现和成果又有了更多的读者。该杂志创刊于1903年，是南非科学发展协会的年度会刊，在1947年8月改为月刊。从1973年开始，该杂志与伦敦的Macmillan（自然杂志的出版商）、南非联合科学与技术协会、教育、科学与技术基金会、国家研究基金会展开了密切的合作。
