巴基斯坦科学院是参照英国皇家学会于1953年建立的，由国内最著名的科学家组成。建立巴基斯坦科学院的设想在1947年11月提出，而在巴基斯坦建立后不久，第一届国家教育会议就在卡拉奇召开了。
随后，9名杰出的资深科学家被选为还在建议中的科学院的院士。M. Raziuddin Sid-diqi是其中之一，他起草了科学院的章程并获得了通过。1953年2月16日巴基斯坦科学院正式成立，M. Afzal Hussain被选为院长，M. Raziuddin Siddiqi为秘书长。
最近几年，巴基斯坦科学院发生了巨大的变化。现在科学院每年都会得到由高等教育委员会发给的补助金，以推动科技计划的进行、资助各类国家研究项目和支持科学家参加国外的相关会议。
科学院被认为是国家最高的科学智囊团，在科学教育、研究和发展方面做出支持与咨询。科学院的核心是院士，只有那些为科学知识的发展作出突出贡献的科学家才能够当选为院士。
（1）提升巴基斯坦基础科学与应用科学研究，传播科学知识。
（2）阐明巴基斯坦科学成就的标准，确认在科学进步中的突出贡献。
（3）出版或辅助科学会议、刊物、学报、论著、图书和其他科学作品的出版。
（4）建立并保持巴基斯坦科学家与国际组织、科学家联合会的联系，组织会议，负责巴基斯坦科学活动与外国科学家的协调。（5）为科学研究颁发相关奖项、奖学金、奖金和奖品，以及授予院士资格。
（6）承担由巴基斯坦政府交给的国家或国际重大科研工作。
（7）有向政府处理科技事务的部门提供建议与咨询的权利，并代表巴基斯坦参与国际科学工作。（8）保障及管理基金、捐款以及其他为促进科学研究和科学项目发展的补助金，以达到科学院的目标。（9）进行一切有益或实现科学院目标所必要的法律许可范围内的活动。巴基斯坦科学院事务的管理和领导由17名成员组成的理事会执行。理事会成员包括院长、两位副院长、秘书长、司库、副秘书长和4位秘书，以及4位由全体代表大会选出的其他院士、1位由教育部推荐的院士、1位由科技部推荐的院士和1位编辑，新近卸任的院长也可作为理事会成员任职一个任期。根据巴基斯坦科学院相关细则规定，巴基斯坦科学院院士应是巴基斯坦杰出科学家或对巴基斯坦科学有着突出的原创贡献的个人。
巴基斯坦科学院设有3类院士：资深院士、院士和外籍院士。目前，巴基斯坦科学院共有86名院士，22名外籍院士。
资深院士是指在科学院章程实施之前就已经是科学院院士的人员。
院士是巴基斯坦籍的杰出科学家，他们对自然科学有着突出的原创贡献，是根据科学院相关细则规定的程序选举出来的。
外籍院士是根据科学院相关细则规定的程序选举出来的非巴基斯坦籍的科学家，他们对自然科学有着杰出的贡献。
院士及外籍院士可以享受以下权利或特殊待遇：
（1）可以使用科学院图书馆，出借书籍及期刊，相关制度由理事会制定。
（2）可以免费得到科学院会议文集和学报的副本，以及由理事会决定的其他类似出版物。可以按照理事会制定的价格购买科学院的其他出版物。（4）可以被理事会和院部指派担任委员会或者其他部门的职务。
（5）院士可以参与所有院部会议的讨论和投票，其中外籍院士不能够参与投票。院士及外籍院士身份是对杰出科学家的赞誉，同时也是个人荣誉的象征，但并没有规定院士们需要做出相应捐献。院部可以在理事会的建议下确定每位新当选院士在就职仪式上需要捐款的数额。院部或者理事会还可以要求院士向科学院捐款。
巴基斯坦科学院的院士选举流程为：由院士组成的学科委员会对候选者的选举条件进行评议后，由所有院士投票选举出新的院士或外籍院士。
每年院士的选举人数不超过5人，直到总人数达到100人的限额；每年外籍院士的选举人数不超过3人，直到总人数达到30人的限额。巴基斯坦科学院是一个非政府和非政治的科学组织。巴基斯坦政府赋予科学院的任务是对“国家所有科学发展相关问题”和“与科学院相关的科学领域的国内外重大事件”提供咨询与建议。
科学院建立以来，已组织了讨论会、座谈会和演讲等大量科学活动。此外科学院还在政府制定5年计划时，组织讨论了关于科学教育和研究方面的计划和发展。1965年8月，科学院联合科技研究部（现科技部）和国家科学理事会（现巴基斯坦科技理事会）在斯瓦特组织了一次国家著名科学家大会，会上为促进国家科学发展提出了全面的建议，大会由当时的总统主持。
科学院和巴基斯坦科技理事会通过组织专家组为国家经济发展的各个方面提出建议，发起了解读国家科学政策相关事项及问题的活动。现在这项活动仍是科学院一直保持的。除此之外，科学院有4个地区分部。这些分部每月会组织科技前沿领域的系列研讨会。
由于获得了高等教育委员会的资助，巴基斯坦科学院在2004年就已支持了多项由院士发起的科学活动和研究项目。科学院在通过专家委员会评议后，已资助了以下主要项目：
（5）编辑和印刷两本关于“14世纪南亚杰出的穆斯林科学家的生物学记录”的专著。
（6）编写、印刷和流通每册30～40页的关于“新科技发明带来的社会问题”的小册子。
（8）资助10名巴基斯坦科学家/院士参加第九届第三世界科学院全体代表大会等等。
科学院给在14个科学技术领域中取得原创性研究贡献的巴基斯坦科学家颁发奖章和奖金。候选人由科学院、大学和研发组织的院士提名，然后由科学院理事会指定的专家组进行评议。有超过100名科学家获得了这些奖项。
（1）农业、（2）生物化学、（3）生物学、（4）生物技术及基因工程、（5）植物学、（6）化学、（7）计算机科学（软件）、（8）计算机科学（信息技术）、（9）地球科学、（10）工程技术、（11）数学、（12）医药科学、（13）物理、（14）动物学。
生物化学和地球科学领域的每个获奖人会得到15000卢比、奖章和证书。科学院每年的一、二月接受由院士、大学副校长和研发组织领导的推荐，每人只能提名一人。
除了科学院院士，巴基斯坦所有科学家都有资格获得该奖项，同时规定这些获奖人在过去5年都没有获得任何科学院的奖项。
该奖项为300000卢比、奖章和证书。科学院每年一、二月份接受来自科学院、从事科学教育和研究的高水平机构及科学院认可的同等组织的推荐。
只有那些被公认为具有国际水平并被国际公认为科学研究的进展作出突出贡献的巴基斯坦科学家才有资格获得该奖项。每人只有一次获得该奖的机会。
科学院每年一、二月份接受来自科学院、从事科学教育和研究的高水平机构及科学院认可的同等组织的推荐。
除了科学院院士，巴基斯坦所有科学家都有资格获得该奖项，同时规定这些获奖人在过去5年没有获得任何科学院的奖项。
该奖项为2000美元和证书。巴基斯坦科学院代表第三世界科学院为40岁以下的巴基斯坦科学家设立了该奖项，涉及的科学领域包括生物学、化学、数学和物理。
科学院每年的一、二月接受由院士、大学副校长和研发组织领导的推荐，每人只能提名一人。
孟加拉科学院和巴基斯坦科学院近年签署了一份长期互利合作的谅解备忘录。两个科学院将会加强科研合作、学术研究活动以及学术专家和意见的交换。
巴基斯坦新近发布了新的科技政策，政策的目标是通过在最新技术上的投资来最优化技术的发展，以在本土产业增长中获得优势。所以科学院现在努力的重点是在以下领域通过协调国际间合作来发展本国科技：
（1）农业（含畜牧、渔业和林业）、（2）药物及健康、（3）能源、（4）环境、（5）地球科学、（6）信息技术、（7）生物技术、（8）生物信息、（9）药用植物、（10）纳米技术、（11）气候变化及水短缺。
科学院从1963年开始出版其官方刊物“巴基斯坦科学院会议录”。1997年起会议录每半年出版一次，到了2005年每季度出版一次。会议录通过赠阅及交换的方式分发到各个国际科学组织和大学。会议录主要涉及4个领域：生命科学、物理科学、医药科学及工程科学技术。
